FEP 的研究爭論可以分成三層：數學推導是否成立、具體模型是否符合資料、普遍性主張是否有足夠範圍。批判文獻分別對馬可夫毯定義、推導假設、適用範圍及競爭模型提出問題。
關係圖
flowchart TD FEP[自由能原理] --> M[數學主張] FEP --> E[實證主張] FEP --> G[一般性主張] M --> C1[定義與假設檢查] E --> C2[實驗資料與模型比較] G --> C3[跨系統適用範圍] C1 --> R[可反駁的預測] C2 --> R C3 --> R R --> V[重現與外部效度]